خبرگزاری میزان وابسته به قوه قضاییه بامداد دوشنبه ۲۸ خرداد اعلام کرد که حکم قصاص محمد ثلاث، یکی از دراویش گنابادی نعمت‌اللهی که به اتهام قتل سه نفر به اعدام محکوم شده بود، صبح روز دوشنبه اجرا شده است.
نرگس ثلاث فرزند محمد ثلاث هم شامگاه گذشته اعلام کرده بود که تلاش‌ها برای توقف حکم اعدام پدرش بی‌نتیجه مانده است.
یکشنبه ۲۷ خرداد نیز خانواده محمد ثلاث آخرین ملاقات خود را با این درویش گنابادی درزندان رجایی شهر کرج انجام دادند.
نرگس ثلاث فرزند محمد ثلاث بعد از ملاقات به سایت «مجذوبان نور» گفته است که «پدرش در این ملاقات نیز مثل همیشه اصرار کرد که راننده اتوبوس قاتل نبوده و او را قربانی مقاصد سیاسی کرده‌اند. عفو بین‌الملل هم شامگاه گذشته با انتشار بیانیه‌ای خواهان توقف حکم اعدام محمد ثلاث شده بود.
عفو بین‌الملل می‌گوید پرونده محمد ثلاث، مشکلات دستگاه قضایی ایران را برای همگان آشکار می‌کند: انتقام‌جویی به جای اجرای عدالت. اعتراف‌گیری تحت شکنجه به جای تحقیق درباره پرونده.
عفو بین‌اللمل در بیانیه‌ای که یکشنبه ۲۷ خرداد منتشر کرد از جامعه بین‌المللی و سران کشورهای جهان خواسته بود همه قدرت خود را به کار گیرند و از اعدام محمد ثلاث جلوگیری کنند.
محمد ثلاث متهم بود که در ۳۰ بهمن ۱۳۹۶ هم‌زمان با درگیری دراویش گنابادی با مأموران پلیس در محدوده خیابان پاسداران تهران، با اتوبوس به سمت گروهی از مأموران حرکت کرده و سه نفر از آنها را کشته است. آخرین جلسه دادگاه او ۲۷ اسفند ۹۶ برگزار شد و فردای آن روز هم به سه بار قصاص محکوم شد. در اردیبهشت سال جاری دیوان عالی کشور این حکم را تأیید کرده است. این درویش گنابادی می‌گوید بی‌گناه است و راننده اتوبوس نبوده.
عفو بین‌الملل در بیانیه شامگاه یکشنبه ۲۷ خرداد خود می‌گوید تنها مدرک جرم علیه محمد ثلاث اعترافات اوست که تحت شکنجه انجام شده و متهم بعد از بازجویی، آن اعترافات را پس گرفته است.
فیلیپ لوتر مدیر بخش شمال آفریقا و خاورمیانه عفو بین‌الملل گفته است:
«مقامات قضایی ایران با شتابزدگی و فقط با این قصد که حکم اعدام را جا بیندازند، از دسترسی محمد ثلاث به وکیل خودداری کردند و اجازه ندادند شاهدان شهادت بدهند که محمد ثلاث پشت فرمان اتوبوس نبود و در آن زمان در زندان بود. مقامات قضایی جمهوری اسلامی ظاهراً به انتقام‌گیری بیشتر علاقمندند تا اجرای عدالت.»
به گفته مدیر بخش شمال آفریقا و خاورمیانه عفو بین‌اللمل، اجرای حکم اعدام محمد ثلاث بر اساس محاکمه غیر عادلانه متهم و صرفاً بر پایه اعترافاتی که تحت شکنجه از او اخذ شده بی‌عدالتی آشکار و یک عمل نفرت‌آور است.
خانواده محمد ثلاث به همراه تعدادی دیگر از درویشان در اعتراض به حکم اعدام او مقابل زندان تحصن کرده بودند. وکیل ثلاث اعلام کرده بود شاهدان تازه‌ای دارد که حاضرند در دادگاه شهادت بدهند که محمد ثلاث راننده اتوبوسی که ماموران پلیس را زیر گرفت نبوده است اما دستگاه قضایی حاضر به پذیرش درخواست اعاده دادرسی او نیست.
به نوشته زینب طاهری، ثلاث در بازداشتگاه شکنجه شده، مأموران با پا روی سر او رفته و آنقدر او را کتک زده بودند که بینایی‌اش را از دست داده بود.
ثلاث ۳۰ بهمن سال گذشته پس از تحصن درویشان گنابادی مقابل کلانتری خیابان پاسداران بازداشت شد. دستگاه قضایی ایران او را راننده اتوبوسی که سه مامور پلیس را زیر گرفت و کشت، خواند اما هیچ شاهدی که دیده باشد واقعا ثلاث راننده اتوبوس بوده، در دادگاه حاضر نشد. ثلاث گفته بود که پیش از این واقعه و حمله ماموران پلیس و لباس شخصی به گلستان هفتم، محل سکونت نورعلی تابنده قطب درویشان گنابادی بازداشت شده است. به دنبال این واقعه بیش از ۳۰۰ تن از درویشان گنابادی دستگیر و برخی از آنان به زندان و تبعید محکوم شدند.