در آستانه برگزاری انتخابات و برخی اظهار نظرهای درباره ضرورت اقدام دولت روحانی برای مقابله با شورای نگهبان و همچنین پایان دادن به حصر مهندس موسوی، خانم رهنورد و کروبی، علی خامنه‌ای گفته در دیدار با علی شمخانی٬ دبیر شورای عالی امنیت ملی و جمعی از معاونان این شورا با قاطعیت در مورد اینکه شورا باید در خط «حزب الله» باشد سخن گفت و اشاره کرد که تفکر حاکم بر شورا باید کاملاً منطبق بر «تفکر صحیح و خالص انقلابی و حزب‌اللهی» باشد و این شورا باید مقابل جریانی که «اعتقادی به مبارزه با استکبار» ندارد٬ بایستد. خامنه ای همچنین در این دیدار گفت ایفای صحیح نقش تصمیم‌سازی دبیرخانه منوط به حاکم بودن «فضای صددرصد انقلابی» در این نهاد است. به گفته خامنه‌ای «اگر جهت‌گیریهای زاویه‌دار با انقلاب اسلامی در دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی تأثیرگذار شود، نتیجه مطلوب بدست نخواهد آمد.» او همچنین ضمن اشاره به برخی تلاش‌ها «برای جابجایی خطوط اصلی و روشن انقلاب» و ضرورت اینکه شورای عالی امنیت ملی باید مقابل این تلاش‌ها بایستد افزوده «از همان ابتدای پیروزی انقلاب، برخی تفکر انقلابی را قبول نداشتند و برخی هم با اینکه در داخل نظام بودند اما اعتقادی به مبارزه با استکبار نداشتند که باید در مقابل این جریان ایستاد.»
شورای عالی امنیت ملی بالا‌ترین مرجع تصمیم‌‌گیری درباره بسیاری از مسائل مهم امنیتی و سیاسی در جمهوری اسلامی است که در حال حاضر حسن روحانی ریاست آن را بر عهده دارد. به گفته ناظران آگاه این دیدار و اظهارات علی خامنه‌ای درباره شورای عالی امنیت ملی در واقع تعیین تکلیف رهبر جمهوری اسلامی با اعضای این شورا در خصوص مرزبندی با سیاست‌های روحانی محسوب می‌شود.