بر اساس گزارش سایت «سحام نیوز» جمعی از طلاب حوزه‌های علمیه سراسر کشور و شاگردان آیت‌الله محمدرضا نکونام از مراجع نواندیش دینی، طی نامه‌ای از مفاسد پشت پرده در حوزه‌های علمیه و دفتر رهبر جمهوری اسلامی ایران انتقاد کرده، و خواستار پاسخ‌گویی شیخ محمد یزدی رئیس مجلس خبرگان رهبری و «سید هاشم حسینی بوشهری» رئیس حوزه علمیه قم در خصوص بازداشت آیت‌الله نکونام شدند.
به گزارش «سحام»، در این نامه که پایگاه اینترنتی آمدنیوز آن را منتشر کرده، از مافیای پشت پرده بازداشت آیت‌الله «محمدرضا نکونام» سخن به میان آمده و از شیخ «محمد یزدی» رئیس مجلس خبرگان رهبری با عنوان فردی که «در بحبوحه مبارزات قبل از پیروزی انقلاب، برای جذب و فریب دادن جوانان انقلابی در یکی از اتاق‌های منزلش عکس مرحوم امام و در اتاق دیگر عکس دکتر شریعتی را به دیوار خانه نصب کرده بود»، از «سید هاشم حسینی بوشهری» رئیس حوزه علمیه قم به عنوان فردی «که توان تحمل حتی یک سیلی خوردن از بازجویان ساواک را نداشت»، از آیت‌الله «مکارم شیرازی» به عنوان فردی که «در جلسه مرداد ماه سال 58 خبرگان قانون اساسی، تصویب اصل مربوط به ولایت فقیه را ٬روز سیاه تاریخ ملت ایران٬ نامیده»، از آیت‌الله «نوری همدانی» به عنوان فردی که «به عنوان عقبه و همکار فکری آیت‌الله مکارم وارد عمل شده است»، از شیخ «عباس کعبی» به عنوان کسی که «در مدرسه فیضیه کرسی تدریس دارد ولی هیچ‌گاه شمار شاگردانش از 20 تن فراتر نمی‌رود»، از «سید احمد خاتمی»؛ به عنوان «فردی که به واسطه دامادی شهید آیت‌الله سعیدی به مناصب حساس و خطیر رسیده است»، از آقایان «محمدی گلپایگانی» (رییس دفتر رهبری) و «مروی» (معاونت حوزه و روحانیت دفتر رهبری) «به عنوان اصلی‌ترین هماهنگ کننده و مهره چین‌های مافیای حوزه و نظام در برخورد، بازداشت و پرونده سازی برای یاران فداکار امام و دلسوزان انقلاب» نام برده‌اند.