به گزارش «ایران»، علی فلاحیان که در زمان اعدام‌ها رئیس سازمان بازرسی کل نیروهای مسلح بوده است، در گفت‌وگویی با «خشت خام»، این دیدگاه خود را ناظر بر مفهوم فقهی «بغی» و دیدگاه همه فقها عنوان کرد و افزود: آن زمان هم سر این موضوع دعوا بود؛ آقای موسوی تبریزی که می‌گفت اصلاً محاکمه نمی‌خواهد، عده‌ای دیگر از آقایان معتقد بودند دستگیرشدگان محاکمه شوند. اما امام مرتباً تأکید داشت که مواظب باشید اینها از دستتان در نروند. اینها اگر بروند، دوباره یک نفر را می‌کشند و حفظ جان مسلمان واجب است. فلاحیان درباره علت اعدام زندانیان اظهار کرد: پس از شکست منافقین در عملیات مرصاد، اعضای آنان در زندان شورش کردند. بحث بود که چه آنان که اعدامی بودند و چه آنان که حکم اعدام نگرفتند، اعدام شوند. نظر امام این بود که چرا نگه‌شان داشتید، اینها که همین الان که در زندان هستند، می‌گویند اگر ما را رها کنید، با شما می‌جنگیم، امام فرمود دست‌کم آنهایی که این حرف را می‌زنند و سر موضع‌شان هستند، اعدام کنید. وی درباره شیوه عمل گروه سه نفره نیز اظهار کرد: قرار شد گروهی سه نفره از وزارت یعنی از قاضی‌ها نظارت کنند که اگر کسی قابل عفو است، اعدام نشود. این گروه کارش این بود، نه اینکه حکم اعدام بدهد که مدام می‌گویند حکم اعدام را این سه نفر دادند. فلاحیان درباره حضور رئیسی در هیأت سه نفره نیز گفت: بنده خدا هر چه می‌گفت من حکم ندادم، حکمش را قبلاً صادر کرده بودند، اصلاً کسی به حرفش گوش نمی‌داد و فکر هم می‌کردند که آنها [اعدامی‌ها] بی‌گناهند! خب آنها آدم کشته بودند، حکم‌شان این بود، اصلاً محارب بودند.
وزیر پیشین اطلاعات درباره دلایل مخالفت آیت‌الله منتظری با اعدام‌ها گفت: ایشان نظرش همین بود. بعداً نظری پیدا شد که این اعدام‌ها نهایتاً باعث می‌شود تاریخ علیه ما و اسلام قضاوت کند. اما امام می‌فرمود وظیفه شرعی‌تان را انجام دهید و منتظر قضاوت تاریخ نباشید. فلاحیان، مصداق محاربه را عضویت در یک جریان مسلحانه دانست و افزود: چه مسلح باشد چه نه، حکم محارب دارد، ممکن است کسی امروز برود برای خانه تیمی نان بخرد، یکی برود مثلاً امکانات دیگر تهیه کند، اما جزو اینهاست. وی درباره ایجاد محدودیت برای سخنرانی آیت‌الله منتظری گفت: در دوره ما از این اتفاق‌ها نیفتاد. همه آزاد بودند؛ حتی آیت‌الله منتظری. همه صحبت‌های ایشان آزاد بود. ما فقط نمی‌گذاشتیم پخش شود چون شورش می‌شد. فلاحیان، ماجرای اتوبوس ارمنستان و قصد انداختن هنرمندان و روشنفکران به ته دره را ساخته روشنفکران و برگرفته از داستان‌های رمان‌ها توصیف کرد و افزود: آخر این حرف ملاکی دارد؟ یعنی وزارت اطلاعات یا عوامل وزارت اگر می‌خواستند شما را به دره بیندازند، آن‌قدر چلفتی بودند که نتوانند و بعد هم اگر قصد کشتن شما را داشتند، راه‌حل‌های دیگری داشتند حالا چرا یک اتوبوس و فاجعه و آبروریزی. وی سعید امامی را مدیری خوب و یک اطلاعاتی مظلوم، قوی و خدوم معرفی کرد و در پاسخ به اینکه چرا یک نیروی خدوم مؤمن باید خودش را در زندان بکشد؟ خاطرنشان کرد: من گفتم خودش را نکشته. دفاع من به خاطر همین بود.