مدیران، مدرسان و طلاب وابسته به حاکمیت در حوزههای علمیه ضمن اعلام برائت از سخنان اخیر آیت الله محمود امجد، استاد اخلاق حوزه درباره مسئولیت رهبر جمهوری اسلامی در «قتل» روح‌الله زم و جنایت‌های پس از سال ۱۳۸۸، خواستار توبه او شدند.
علیرضا اعرافی، منصوب رهبری در حوزههای علمیه، در بیانیه‌ای سخنان آیت الله امجد را «دفاع از مجرمان و تهدیدکنندگان امنیت ملی و فتنه‌انگیزان و وابستگان به سازمان‌های جاسوسی بیگانگان» خواند و اعلام کرد در عهد خود با علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، از هیچ کوششی دریغ نخواهد کرد.
جامعه روحانیت مبارز نیز ضمن توهین به این روحانی عارف و با سابقه نوشت: اینکه یک روحانی که محضر عرفان و برخی از علما را درک کرده، با سادگی و تاثیرپذیری از انحراف برخی نزدیکانش، این چنین در صف دشمنان و منافقان قرار می گیرد، تلخ است.
پس از آن‌که آیت الله محمود امجد،با انتشار ویدئویی، رهبر جمهوری اسلامی را مسئول تمام خون‌های ریخته‌شده بعد از ۸۸ دانست و خواستار «توبه» کردن خامنه‌ای شد، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز، آیت الله امجد را «نادان»، «خوارج»، «شب‌زده»، «ولی‌نشناس» و «خودباخته و ساده‌لوح» نامید.