شرکت کشت و صنعت و دامپروری مغان در اجرای قانون خصوصی سازی درسال ۸۸ درلیست واگذاری ها قرار گرفت و بعد از چهار فقره اگهی نهایتا درسال۹۷ ازطریق به بخش خصوصی واگذار شد این واگذاری ازهمان روز اول مورد اعتراض کثیری از نخبگان محلی و دوستداران بخش کشاورزی قرار گرفت.
مخالفین واگذاری براین باور بودند که در تاریخ واگذاری مهلت ۶ ماهه تعیین قیمت کارشناسی اراضی و ابنیه و کارخانجات شرکت به اتمام رسیده بوده است و قیمت واگذاری نیز خیلی نازل تر از قیمت‌های واقعی روز تعیین گردیده و و خریدار نیز بدلیل قرارگرفتن در لیست بدهکاران بانکی فاقد اهلیت بوده است
و برخی از منقدین نیز اساسا براین باور بودند که شرکت مغان بعنوان بانک ژن برای تولید بذر کشور باید از لیست واگذاری به بخش خصوصی خارج شود.
این واگذاری در طول دوسال گذشته منجر به اعتراضات مردمی و کارگری گردید بطوریکه چندین نفر از کارگران شرکت درپی اعتراضات از کار اخراج شدند و طومارهای زیادی حتی با بیش از ۱۵ هزار امضا به مراکز تصمیم‌گیری ارسال شد نهایتا با طرح این اعتراضات در سازمان خصوصی سازی موضوع به هیات داوری ارجاع گردید.
هیات داوری رای ابطال واگذاری شرکت را صادر کرد ولی با اعتراض خریدار به رای هیات داوری موضوع در یکی از شعبات حقوقی دادگستری تهران مورد رسیدگی قرار گرفت و با رد اعتراض خریدار حکم هیات داوری در ابطال واگذاری شرکت کشت وصنعت مغان تائید گردید و به این ترتیب واگذاری شرکت کشت و صنعت و دامپروری مغان بصورت قطعی باطل شد.