از زمانی که ضیایی به عنوان رییس جدید زندان اوین منصوب شده است محدودیت هایی برای زندانیان سیاسی اعمال شده است.
در همین راستا ضیایی دستور داده است یک بار ملاقات حضوری این زندانیان لغو گردد و هر دو ماه یک بار به زندانیان سیاسی ملاقات حضوری داده شود. در اقدامی دیگر ارسال کتاب و مجله توسط خانواده زندانیان ممنوع شده است.
این در حالی است که مشارکت زندانیان سیاسی در اداره داخلی زندان که بر عهده زندانیان است ممنوع شده است و آنان نمی توانند به عنوان وکیل بند و مسئول اتاق و مسئول فرهنگی و… انتخاب شوند.
در مواردی محدودیت ها فراتر از زندانیان سیاسی در مورد تمام زندانیان اعمال می شود که تخلف آشکار است از جمله می توان به پولی شدن درمان زندانیان اشاره نمود که باعث شده است زندانیان فرودست و فقیر نتوانند بخاطر بیماری به بیمارستان اعزام شوند.