ژنرال عبدالفتاح برهان، رئیس شورای انتقالی نظامی سودان سهشنبه ۴ ژوئن/ ۱۴ خرداد یک روز بعد از کشتار معترضان در مقابل وزارت دفاع در خارطوم، معترضان را مسئول کشتار جلوه داد. برهان گفت نمایندگان معترضان در تلاش بودند گفتوگوها با شورای نظامی بر سر تشکیل یک دولت ائتلافی را به تأخیر بیندازند با این هدف که بخشهایی از جامعه از مشارکت در قدرت بینصیب بمانند.
عبدالفتاح برهان همچنین اعلام کرد که شورای انتقالی نظامی توافقهایی را در گفت وگو با ائتلاف مشاغل سودان (بزرگترین ائتلاف معترضان در این کشور) حاصل شده، باطل میکند.
دوشنبه ۳ ژوئن/ ۱۳ خرداد نیروهای نظامی خیابانهای پیرامون محل تحصن در اطراف وزارت دفاع خارطوم را مسدود کردند و معترضان را به گلوله بستند و چادرها در محل تحصن را نیز به آتش کشیدند. کمیته مرکزی پزشکان سودان اعلام کرده که در کشتار روز گذشته در خارطوم دستکم ۳۵ نفر کشته و بیش از ۲۰۰ نفر مجروح شدهاند. از تعداد دقیق کشتهشدگان و مجروحان اما اطلاع دقیقی در دست نیست. نیروهای نظامی بیمارستانهای خارطوم را محاصره کردهاند. پرسنل بیمارستانها اجازه خروج از محل کارشان را ندارند. صدها نفر از معترضان و متحصنان نیز در خارطوم بازداشت شدهاند.
اعتراضات سودان دسامبر سال گذشته در واکنش به افزایش نرخ کالاها و بحرانهای معیشتی مردم آغاز شد و به زودی دامنه آن وسیعتر شد و به خواست برکناری عمر البشیر و پایان حکومت ۳۰ ساله او در سودان در ۱۱ آوریل سال جاری انجامید. محمد یوسف المصطفی، سخنگوی انجمن مشاغل سودان سهشنبه به خبرگزاری آسوشیتدپرس گفت:
«انقلاب به مرحله بحران رسیده است. شورای نظامی درگیری و خشونت را برگزید. این اشخاص جنایتکارانیاند که میبایست مانند البشیر با آنها رفتار کرد. اکنون وضع به این شکل درآمده: یا آنها، یا ما. راه سومی باقی نمانده.»
ژنرال عبدالفتاح برهان، رئیس شورای انتقالی نظامی سودان در بیانیه سهشنبه ۴ ژوئن/ ۱۴ خرداد خود اعلام کرد که شورای نظامیان دولت انتقالی را بدون مشارکت معترضان و جامعه مدنی تشکیل میدهد با این هدف که زمینهها و شرایط برگزاری انتخابات آزاد (و بنا به ادعای او) تحت نظارت نهادهای بینالمللی را فراهم کند.
آنتونیو گوترش، دبیرکل سازمان ملل کشتار خارطوم را محکوم کرد و خواهان بررسی و تخقیق نهادهای بینالمللی بیطرف درباره تیراندازی سربازان به معترضان یک روز پیش از عید فطر شد. میشل باشله، کمیسر عالی حقوق بشر سازمان ملل نسبت به استفاده از گلوله جنگی در مقابله با معترضان سودانی هشدار داد. اتحادیه اروپا و اتحادیه آفریقا نیز با صدور بیانیههایی کشتار خارطوم را محکوم کردهاند.
عفو بیناللمل با انتشار بیانیهای اعلام کرد که نظامیان سودان با کشتار خارطوم، یک روز قبل از عید فطر اعتماد مردم سودان و امید به آغاز دورانی تازه که احترام به حقوق بشر یکی از شاخصهای آن باشد را از بین بردند.